Sveučilište u Zagrebu Medicinski fakultet

Polaznici stječu znanja o osnovama funkcioniranja masenog spektrometra i drugih alata u proteomskim istraživanjima. Nakon završetka predmeta polaznici imaju uvid u prednosti i ograničenja proteomskih metoda te razumiju gdje su iste primjenjive u pojedinim istraživanjima.

Proteomika se bavi kvalitativnom i kvantitativnom analizom ukupnih proteina u stanici, tkivu ili organizmu, i predstavlja jednu od najmodernijih i najbrže razvijajućih grana molekularne biologije i medicine. Cilj predmeta je upoznavanje polaznika s problematikom, osnovnim principima i metodologijama proteomike, osobito onima baziranim na masenoj spektrometriji. Predavanja obuhvaćaju kratku povijest i osnovne strategije u proteomici (elektroforeza proteina, imunohistokemija, Western-blot), primjenu masene spektrometrije u globalnoj analizi proteina, osnove identifikacije i kvantifikacije proteina masenom spektrometrijom, kao i primjene proteomike u bazičnim biomedicinskim istraživanjima, klinici i dijagnostici. Polaznici će se kroz praktični rad upoznati s pripremom uzoraka i radom na najsuvremenijoj opremi za analizu proteoma: nano-tekućinskim kromatografom (HPLC) i masenim spektrometrom, kao i s bioinformatičkom obradom podataka.

• Ang MY, Low TY, Lee PY, Wan Mohamad Nazarie WF, Guryev V, Jamal R. roteogenomics: From next-generation sequencing (NGS) and mass spectrometry-based proteomics to precision medicine. lin Chim Acta. 2019;498:38-46.
• Grgurevic L, Erjavec I, Grgurevic I, Dumic-Cule I, Brkljacic J, Verbanac D, Matijasic M, Paljetak HC, Novak R, Plecko M, Bubic-Spoljar J, Rogic D, Kufner V, Pauk M, Bordukalo-Niksic T, Vukicevic S. Systemic inhibition of BMP1-3 decreases progression of CCl4-induced liver fibrosis in rats. Growth Factors. 2017;35:201-215.
• Aebersold R, Mann M. 2003. Mass spectrometry-based proteomics. Nature. 422:198-207.
• Macek, B., Mann, M., Olsen, J.V. 2009. Global and site-specific quantitative phosphoproteomics: principles and applications. Ann Rev Pharmacol 49: 199-221
• Lipton, M.S., Pasa-Tolic, Lj. 2009. Mass Spectrometry of Proteins and Peptides. Springer, Berlin, ISBN: 9781934115480
• van Eyk, J.E., Dunn, J.M. (Editors). 2007. Clinical Proteomics: From Diagnosis to Therapy. Wiley-Vch, ISBN-13: 9783527316373
• Hotchkiss, J.L., Simpson, R.J. 2003. Proteins and Proteomics: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, ISBN:  9780879695545
• Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Walter, P. 2002. Molecular Biology of the Cell. 4. Edition, Garland Science, ISBN: 0815340729

Predavanja, seminari i vježbe

Pismeni ispit